一、互設代表機構之沿革
我方在馬國設代表機構：
1964年11月我在馬國設立駐吉隆坡領事館，首任領事為張仲仁，1969年升格為總領事館，馬國與中共於1974年5月31日建交後，我與馬國斷絕領事關係，同年8月我在吉隆坡設立「駐吉隆坡遠東貿易旅遊中心」，藉與馬方維持必要之聯繫。
馬方嗣於1988年同意我將該中心升格並易名為「駐馬來西亞台北經濟文化中心」（Taipei Economic and Cultural Centre in Malaysia），具代表我政府機構之地位，我駐館人員享有若干外交特權。1992年7月13日馬國政府同意我駐處再易名為「駐馬來西亞台北經濟文化辦事處」（Taipei Economic and Cultural Office in Malaysia）。
馬方在我國設代表機構：
馬方於1977年開始派移民官駐我國，並以馬來西亞航空公司台北分公司名義辦理簽證業務及與我方聯繫。1982年復於台北成立「馬航行政部」，1983年增設「文化貿易交流中心」，以應實際需要。1987年馬方將原駐華之行政、商務機構合併易名為「馬來西亞友誼及貿易中心」（Malaysian Friendship and Trade Centre, Taipei），共設行政、投資、經濟、商務、簽證等五組，另於1989年11月於該中心之下增設「馬來西亞旅遊資訊中心」（Malaysia Tourist Information Center），以推展對我國各項業務。
二、經貿投資關係
（一）經貿關係：
依據我國海關統計資料，近年來雙邊貿易總額資料如下：2014年台馬雙邊貿易額173.97億，其中我對馬出口86.12億美元，自馬國進口87.85億美元。馬國自我國進口主要項目包括電機與設備及其零件、礦物燃料、礦油及其蒸餾產品、機器及機械零件、鋼鐵製品、塑膠及其製品、化學產品及光學產品等；馬國對我國主要出口項目，包括礦物燃料、電機與設備及其零件、光學產品、機器及機械用具、木及木製品、化學產品、塑膠及其製品等。2014年我國為馬國第7大貿易夥伴（次於中國大陸、美國、日本、香港、新加坡及韓國），亦為馬國第6大供應來源及第11大出口市場。
（二）投資關係：
2014年我國在馬投資額1億9,771萬美元，較2013年成長4.28倍，居馬國外人投資第12位。截至2015年9月底止，我國廠商在馬累計總投資金額為119億美元，次於美國、日本、新加坡，為馬國第4大投資國。投資較多之行業依序為基本金屬產品、電子與電機產品、機械配備、非金屬礦物產品、石化產品、食品製造、木材產品、家具、化學與化學產品、金屬鑄造、科學暨測量儀器、橡膠產品、塑膠產品、交通設備、造紙印刷暨出版等。
由於馬國基礎建設良好、投資法令制度完善、政治穩定等多項優點，加上英語及華語皆普遍通行，又有台僑學校供台商子弟就讀，確能吸引台商投資。馬國為鼓勵外商投資，亦允許部分製造業外資可擁有百分之百股權，不受優惠原住民族擁有30％股權限制之優惠，自2004年起繼續延長3年。且東協自由貿易區各國於2003年1月調降大部分產品之區內關稅為0~5 %，因此，馬國對台商仍有相當吸引力。
台馬經貿關係較重大發展為「台馬部長級經貿諮商合作會議」之舉行。本案緣起於辜資政振甫於1996年APEC非正式領袖會議中拜會時任馬哈迪首相時，曾向馬氏建議雙方舉行高層官方經貿諮商會議，獲馬氏允諾推動辦理，台馬雙方爰同意於1997年5月在台北舉行第一屆台馬部長級經貿諮商會議，馬方由「國際貿易暨工業部」部長拉菲達（Rafidah Aziz）率團訪問我國，並原則決定每年輪流在雙方首都舉行是項會議。第二屆台馬部級經貿諮商會議於1998年6月間在吉隆坡舉行。第三屆會議於1999年7月在台北舉行，由馬國貿工部長拉菲達率團前往。第四屆會議於2000年11月在吉隆坡舉行，分由馬國貿工部長拉菲達及我經濟部林前部長信義共同主持。第五屆會議於2002年11月在吉隆坡舉行，由馬國貿工部長拉菲達及我經濟部林前部長義夫共同主持；2004年7月5日已在台北舉行第六屆會議，由馬國貿工部長拉菲達出席。第七屆會議於2010年4月1日在吉隆坡舉行，馬國IC產業「多媒體發展公司」（Multimedia Development Corporation, MDeC） 與我國資策會簽署ICT產業合作備忘錄（MOU）。第八屆會議預訂於2013年12月在台北舉行。
三、旅遊關係
我赴馬旅客人數近年來約在20萬人次：2000年首度達到30萬人次。2003年因受SARS、伊拉克戰爭等影響，驟降至12萬餘人。之後我赴馬旅客人數逐漸回升，根據我觀光局2015年1~10月最新統計數據，我旅客數已達17萬7,768人次。另據馬國觀光部統計，2015年1-6月我赴馬旅客數為13萬6,063人次，係馬國第12大旅客來源國。
來台之馬國旅客則逐年增加，2000年僅為5萬8000餘人次，至2011年已突破30萬人次大關， 2014年更達43萬9,240人次。2015 年1~10月最新統計數據，馬國旅客來臺達31萬9,512人次。
我國於2002年11月予馬國人民14天免簽證待遇；2003年5月1日延長為30天免簽證待遇。2003年11月馬國予我國人14天落地簽證待遇；2006年9月1日延長為30天落地簽證待遇。另馬國政府於2009年3月15日起取消對我另紙簽證待遇。2011年3月18日馬國政府給予我國人民15天免簽證待遇。2015年9月15日馬國政府給予我國人民30天免簽證待遇。以上均為台馬兩國推動旅遊觀光之重大進展。
四、近年簽署之協定與重要文件
（一）航權
1、我與馬國於1990年10月22日簽訂「台馬交換航權協定」，雙方可指定多家航空公司飛行台馬航線。
2、 1995年9月5日在吉隆坡簽署「台馬航權協定附約」，馬方同意我方增至23個總係數點，以因應我空運市場之需要。
3、台馬雙方於1997年10月7日在台北簽署「台馬交換航權協定附約二號」，規定雙方航線完全自由化，兩國航空公司可自本國任何點，飛往對方境內任何點；洲際延遠第五航權班次亦逐年遞增。
（二）投資
台馬雙方於1993年2月18日簽署「台馬投資促進及保護協定」，對我業者赴馬來西亞投資之促進與保護均有詳盡之規定。
（三）租稅
「台馬避免所得雙重課稅及防杜逃稅協定」於1996年7月23日正式簽署，我方於1997年1月29日奉行政院核准備查，1999年2月馬方正式函告我方馬國內核准程序已完成後，依法公布生效。
（四）資訊合作
馬國城鄉區域發展部與APEC數位機會中心（ADOC）秘書處（資策會）於2010年12月6日簽署ADOC合作協定，協助馬國偏遠地區縮減數位落差；迄今已設立4所中心。
（五）高等教育學歷承認
我高等教育評鑑中心與馬國高教部學術資格鑑定機構（MQA）於2012年7月20日簽訂雙方高教評鑑品質互信聲明，MQA並在其網站公布我157所受承認之校院，台馬相關機構已相互承認彼此高等教育學歷。
